La principale objection porte sur la rationalité supposée des acteurs du jeu. En théorie, chacun choisit ainsi la meilleure stratégie possible compte tenu des informations à sa disposition. Mais en pratique, la rationalité est altérée par l’émotion, l’ambiguïté, l’incertitude, etc. Les joueurs adoptent souvent des comportements irrationnels.
Les hypothèses simplificatrices sont également l’une des limites admises.
En pratique, les règles du jeu ne sont jamais aussi claires que dans le dilemme du prisonnier par exemple. Les interactions sont multiples, le nombre d’acteurs souvent indéfini, les conséquences moins binaires, etc.
Le bruit désigne tous les éléments susceptibles de brouiller la lecture du jeu et des stratégies des autres joueurs.
Par exemple, si un joueur souhaite coopérer mais commet une maladresse, laissant croire à l'autre qu'il a essayé de le trahir. Ce dernier va probablement adapter son comportement en fonction de cet élément fortuit. Le jeu prend une tournure très différente.